寻找癌症相关基因突变的DNA测序已经成为美国领先的癌症中心的标准治疗方法。纪念斯隆凯特琳癌症中心（MSK）的检测方法被称为MSK- impact™，可以检测出500多种癌症相关基因的突变。这些信息可以使诊断更加精确，并可以帮助医生根据肿瘤的基因图谱确定哪些药物可能对患者有益。
这种癌症基因测试方法对患有常见癌症的成年人非常有效，例如乳腺癌、结直肠癌、肺癌和前列腺癌。但对于患有罕见肿瘤的儿童和年轻人来说，医生并没有采用这些检测方法为他们选择适当的治疗方法。这是因为，研究人员认识到年轻患者的肿瘤驱动突变往往是不同的。
“成人癌症通常是由于终生突变积累造成的，这些突变是由于不良物质的暴露导致的，例如阳光、香烟烟雾以及饮食中的致癌物质。”纪念斯隆凯特琳癌症中心儿科主任、医学科学家Andrew Kung解释道，Kung致力于研究儿童癌症的分子原因。“这些突变通常被称作点突变，即基因中的一个DNA字母发生改变。”
“对于儿科癌症，驱动突变往往是一种结构性的变化，可以影响整个染色体。这些突变通常位于已知癌基因的范围之外，现有的检测方法检测不到。”
为了更好地观察这些结构变化，研究人员需要一种识读方法：不仅能识读特定“单词”或癌基因的拼写变化，而且还可以识读这些单词在段落和章节上下文中的组织方式。这就是所谓的全基因组DNA和RNA测序技术所能提供的功能。Kung医生及其同事们认为，这项技术可能会对癌症患儿的治疗产生重要影响。
这种全基因组测序技术已经推出近10年，但是其高昂的价格、如此大量数据的分析和诠释所花费的时间，使这种测序技术难以对癌症治疗产生有意义的影响。现在，随着全基因组测序成本的下降——每个基因组的成本不久就会下降到1000美元以下——Kung医生、MSK计算肿瘤医师Elli Papaemmanuil和他们的同事已经在考虑如何在临床中利用这些信息来造福患者。
Papaemmanuil医生说:“所有人都认为全基因组测序最终将成为首选的诊断性检测，用于分析肿瘤的基因谱。但目前还存在着一些障碍。”
她说，这项技术最大的贡献是能够对组成整个基因组的数十亿个DNA字母进行测序，并能够对产生的大量数据进行诠释——精确地将临床相关信息在一定时间内传递给医生，从而帮助医生进行治疗决策。
该项研究于2022年5月18日发表在《Nature Communications》杂志上，Papaemmanuil和Kung医生以及他们的同事报告了一种全基因组测序平台的性能，他们认为解决了这些问题。
她说:“研究显示，利用我们的平台，可以在一周左右的时间内向临床医生提供相关信息。这比现有方法快得多，只需几周时间。”
造福儿童和青少年患者
在他们的论文中，研究人员报告了使用他们的测序方法对114例儿童、青少年和年轻成人实体肿瘤患者进行测序的结果，并将这些结果与MSK-IMPACT获得的结果进行了比较。
他们发现，与MSK-IMPACT相比，他们的方法在54%的患者中(62/114)发现了至少一个其他的致癌变异。其中，33例患者获得了一项或多项直接临床相关的结果。
在一个病例中，医生根据测序提供的基因信息为一名13岁的患者使用了免疫治疗药物，导致他的难治性肾上腺皮质癌得到完全缓解。
MSK儿科肿瘤研究员Alex Kentsis说，这种全基因组测序方法“不仅大大提高了不同癌症患者诊断的准确性，而且首次能够对导致许多儿童和青年人癌症的肿瘤基因重组进行临床检测。”
Papaemmanuil博士指出，这项测试对于体内有很多癌症的患者可能还有其他的益处。她说:“这项检测有可能从血液样本中得到肿瘤的全基因组图谱。如果患者的肿瘤位于难以活检的部位，例如脑部，这将是一个优势。”
MSK儿科的患者接受了这项检测。
还不能替代其他测试
研究人员强调说，这个新的平台目前还不能取代像MSK-IMPACT这样的基于基因组合的检测，后者能够有效地检测常见肿瘤成人患者的相关突变，并且改善了他们的预后。
“我们的目标的是为儿童患者和罕见癌症患者提供一种更全面的方法，他们中只有少数人能够受益于基于基因组合的检测。我们希望让每一位癌症患者都享有精准医疗。”
该研究的作者说，儿科患者的获益如此显著，目前MSK通过慈善基因可以为每位儿科患者提供这种检测。目前MSK已将这项技术授权给Isabl公司，该公司将开发这项技术，并将其提供给其他癌症中心和医院，因此MSK以外的患者也能受益于该项技术。
原文链接：
https://www.mskcc.org/news/new-type-genetic-testing-aims-benefit-children-and-young-adults
