不同类型的内分泌治疗药物的不良反应不尽相同，一般可引起潮热、盗汗及阴道干燥等。
他莫昔芬（TAM）可增加子宫内膜癌和深静脉血栓发生率；芳香化酶抑制剂（AIs）可引起肌肉骨骼症状、增加骨质疏松及骨折发生率。
下面介绍内分泌药物常见的几种不良反应。
抗雌激素药物作用于乳腺以外的其他器官，可产生类似于围绝经期的症状，有烘热汗出、烦躁易怒、月经失调、头晕、耳鸣心悸失眠等。
他莫昔芬（TAM）的不良反应主要有面部潮热闭经、阴道分泌物增多、轻度恶心呕吐等。
托瑞米芬(TOR)的不良反应多为面部潮热多汗、子宫出血、白带量多、疲劳、恶心、瘙痒、头晕及抑郁等。
这些不良反应一般较为轻微。
长期服用TAM可明显增加子宫内膜增生，引起子宫内膜异位、子宫内膜癌的发生，AIs类药物的该类不良反应较TAM轻微。
雌激素也是人体内重要的调节骨代谢的激素之一，对于绝经后妇女，内分泌治疗(尤其是AIs)会进一步降低了体内的雌激素水平，破坏了骨吸收和骨形成之间的动态平衡，导致严重的高转换型骨代谢异常。
因此，乳腺癌内分泌治疗会增加骨质疏松的发生率和骨折风险，临床表现有肌肉疼痛及关节症状，包括关节疼痛、关节炎和关节活动障碍等。
内分泌治疗药物引起的肝脏损害及肝脏脂肪变性，也引起了临床医生的重视。国内有研究报道脂肪肝的发生与服用TAM密切相关。
另外，TAM可拮抗ER使雌激素在肝脏表达减少，从而抑制了雌激素对脂蛋白的分解作用，导致脂肪在肝细胞内的大量堆积，诱发脂肪肝，临床以轻度弥漫性脂肪肝最为常见，可表现为谷丙、谷草转氨酶升高等。
